In Giappone il tasso di comparsa di kaiju è tra i più alti al mondo, tanto che enormi creature portatrici di distruzione lo invadono quasi quotidianamente. Kafka Hibino, che ora lavora per un'impresa specializzata nello smaltimento delle carcasse dei kaiju, un tempo aspirava a diventare un soldato delle Forze di Difesa, le unità speciali incaricate di sopprimere i mostri e difendere il Paese. Un giorno, però, un misterioso organismo si introduce nel corpo di Kafka, trasformandolo in quello che le Forze di Difesa battezzeranno col nome in codice di "Kaiju No.8"... Per salvare Ichikawa e Furuhashi, Kafka si trasforma in kaiju e si prepara ad affrontare l'inquietante mostro umanoide che aveva attaccato i suoi compagni. Lo scontro viene però interrotto dalle Forze di Difesa e il kaiju umanoide ne approfitta per fuggire. Kafka, a quel punto, vorrebbe fare lo stesso, ma... proprio in quel momento, viene raggiunto dal vicecomandante Hoshina, fortemente determinato a eliminarlo.